为保存实力,坚持持久战,东北抗联各支队主力先后撤到苏联边境整训。同时,组织小股部队回原地坚持游击活动。1940年3月中旬,第一方面军政治部主任伊俊山率领10余人,由抚松经东宁入苏境;6月中旬,第一路军王传圣率5人,由濛江经珲春入苏境;1941年10月,第一路军军医处长徐哲率20余人,自那尔轰经敦化过东宁入苏境;抗联第一支队100余人,经东宁入苏境;第一路军第三方面军第十三团余部,由汪清经珲春入苏境;第三方面军另一部经东宁老黑山入苏境。入苏境的抗联一、二、五、八支队等部在苏境乌苏里斯克地区组成东北抗联南野营(亦称B营)进行整训;抗联三、六、九支队等部,在苏边境伯力地区组成东北抗联北野营(亦称A营)进行整训。 1942年8月1日,抗联南、北野营合编成东北抗日联军教导旅(亦称“苏联远东方面军”第八十八独立步兵旅),旅长周保中(中校),政委兼政治副旅长李兆麟(少校)。旅机关设司令部、政治部、后勤部。司令部,参谋长石林斯克(即崔庸健少校)。下设4科:一科,负责作战、训练、队列;二科,负责情报;三科,负责通信;四科,负责行政军务。政治部,主任西辽根(苏军少校)。下设宣传科、组织科、新闻科、军乐队。后勤部,部长德勒(苏军少校)。下设行政经济管理科(下属食品库,面包房、食堂、托儿所、商店)、军械科(下属修理所、军械库)、财务会计科、生产科(下属组织分配、劳动排)、医务所。汉语翻译训练班(一班、二班)。苏联政府内务部特派人员一人。教导旅下辖5营1连:第一营,营长金日成(大尉),政治副营长朴德山,参谋长1人,参谋2人,书记1人。下属第一中国连,第一苏联连;第二营,营长王效明(大尉),政治副营长金策(大尉),参谋长1人,参谋2人,书记1人。下属第二中国连,第二苏联连;第三营,营长王明贵(上尉),政治副营长安吉(大尉),参谋长1人,参谋2人,书记1人。下属第三中国连,第三苏联连;第四营,营长姜信泰(大尉),政治副营长季青(大尉),参谋长1人,书记1人。下属第四中国连,第四苏联连;无线电营,营长奥斯特洛阔夫(苏军大尉),参谋长石道夫(苏军大尉),政治工作员1人。下属第一连、第二连(编中国排一班、二班、女兵班,苏联排);迫击炮连。全旅共2000余人。采取轮换办法,即:三分之一人员整训,三分之一人员执行侦察、游击、派遣任务,三分之一人员分散在东北境内坚持抗日游击斗争。
1945年8月开始,抗联教导旅配合苏联红军解放东北。9月中旬,抗联教导旅改编为东北人民自卫军。